概要 - この大会から一般枠が28に減枠され、東海が3から2、中国・四国が6から5となった。
- (希望枠)の選出方法が変更された。比較項目が被塁打数、与残塁＋失点、失点から被塁打数、与四死球、失点、失策の4項目となり消去法からポイント制に、対象となる試合も明治神宮大会を除く直近5試合から4試合となった。
- 甲子園球場に球速が表示されるようになった。
- 東海大山形が山形県勢では春夏通じて初となる、準々決勝進出を決めた。これにより全47都道府県の代表が春夏どちらかでベスト8以上に進出経験があることとなった。
- 前年夏の大会から登録可能選手数が18人となっていたが、選抜大会において18人登録になったのはこの大会から。
- この大会から準々決勝戦が選手の健康負担を考慮し、前大会までの1日4試合一括開催から変更して、1日2試合ずつ2日間の日程で開催されるようになった。ただし雨天順延が準々決勝戦までに2日以上続いた場合は、従来の1日4試合一括開催に変更される。
- 決勝戦当日の4月4日は、午前中までの雨天により試合開始時間が大幅に遅れ、夕刻の16時44分に試合が開始され、決勝戦では高校野球全国大会において史上初のナイター試合となった[1]。このため毎日放送で行う予定だった決勝戦生中継は編成の都合で中止となった（NHK総合テレビジョン→18時以後NHK教育テレビジョンと、BSハイビジョン、BS2、第1ラジオ、MBSラジオ、GAORAは生放送だった）。
- 優勝した済美監督の上甲正典は第60回大会の宇和島東以来二度目の初出場・初優勝監督となった。
日程 - 2004年（平成16年）
- 1月30日 - 出場32校が決定。
- 3月15日 - 組み合わせ抽選会。
- 3月23日 - 開会式。
- 4月4日 - 決勝戦。閉会式。
選出校組み合わせ・試合結果 1回戦 - 準決勝
| 1回戦 | | 2回戦 | | 準々決勝 | | 準決勝 |
| | | | | | | | | | | | | | |
| 3月23日（1） | | | | | | | | |
|
| 愛工大名電 | 5 |
| 3月28日（2） |
| 立命館宇治 | 4 | |
| 愛工大名電 | 9 |
| 3月23日（2） |
| | 岡山城東 | 2 | |
| 作新学院 | 0 |
| | 4月1日（1） |
| 岡山城東 | 3 | |
| 愛工大名電 | 7 |
| 3月23日（3） |
| | 秋田商 | 1 | |
| 甲府工 | 3 |
| 3月28日（3） | |
| 日南学園 | 2 | |
| 甲府工 | 0 |
| 3月24日（1） |
| | 秋田商 | 3 | |
| 秋田商 | 10 |
| | 4月3日（1） |
| 鳴門工 | 0 | |
| 愛工大名電 | 3 |
| 3月24日（2） |
| | 社 | 2 |
| 福岡工大城東 | 5 |
| 3月29日（1） | |
| 斑鳩 | 0 | |
| 福岡工大城東 | 6x |
| 3月24日（3） |
| | 拓大紅陵 | 4 | |
| 一関一 | 0 |
| | 4月1日（2）：延長11回 |
| 拓大紅陵 | 6 | |
| 福岡工大城東 | 7 |
| 3月25日（1） |
| | 社 | 9 | |
| 鵡川 | 6 |
| 3月29日（2）：延長14回 | |
| 八幡浜 | 3 | |
| 鵡川 | 1 |
| 3月25日（2） |
| | 社 | 2 | |
| 社 | 5 |
| |
| 福井 | 1 | |
|
| 1回戦 | | 2回戦 | | 準々決勝 | | 準決勝 |
| | | | | | | | | | | | | | |
| 3月25日（3） | | | | | | | | |
|
| 東邦 | 9 |
| 3月29日（3） |
| 広陵 | 1 | |
| 東邦 | 0 |
| 3月26日（1） |
| | 済美 | 1 | |
| 済美 | 9 |
| | 4月2日（1） |
| 土浦湖北 | 0 | |
| 済美 | 7x |
| 3月26日（2） |
| | 東北 | 6 | |
| 東北 | 2 |
| 3月30日（1） | |
| 熊本工 | 0 | |
| 東北 | 3 |
| 3月26日（3） |
| | 大阪桐蔭 | 2 | |
| 二松学舎大付 | 0 |
| | 4月3日（2） |
| 大阪桐蔭 | 5 | |
| 済美 | 7 |
| 3月27日（1） |
| | 明徳義塾 | 6 |
| 明徳義塾 | 10 |
| 3月30日（2） | |
| 桐生第一 | 0 | |
| 明徳義塾 | 4 |
| 3月27日（2） |
| | 八幡商 | 2 | |
| 八幡商 | 4x |
| | 4月2日（2） |
| 常葉菊川 | 3 | |
| 明徳義塾 | 11 |
| 3月27日（3） |
| | 東海大山形 | 6 | |
| 佐賀商 | 6 |
| 3月31日 | |
| 金沢 | 8 | |
| 金沢 | 1 |
| 3月28日（1） |
| | 東海大山形 | 6 | |
| 報徳学園 | 2 |
| |
| 東海大山形 | 3 | |
|
決勝
|
4月4日（試合開始：16時44分） | チーム | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | R | H | E |
|---|
| 済美 | 1 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 6 | 8 | 1 |
|---|
| 愛工大名電 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 5 | 7 | 2 |
|---|
- （済）：福井 - 西田
- （愛）：齊賀、江上、丸山 - 長尾
- 審判
［球審］赤井
［塁審］桂（一）、窪田（二）、三宅（三）
［外審］藤野（左）、日野（右） - 試合時間：2時間43分
| 済美 |
|---|
| 打順 | 守備 | 選手 |
|---|
| 1 | [右] | 甘井謙吾（3年） | | 2 | [一] | 小松紘之（3年） | | 3 | [中] | 高橋勇丞（3年） | | 4 | [左] | 鵜久森淳志（3年） | | 5 | [捕] | 西田佳弘（2年） | | 6 | [二] | 野間源生（3年） | | 7 | [三] | 田坂僚馬（3年） | | 8 | [遊] | 新立和也（3年） | | 9 | [投] | 福井優也（2年） |
| | 愛工大名電 |
|---|
| 打順 | 守備 | 選手 |
|---|
| 1 | [左] | 青山直史（3年） | | 2 | [三] | 柴田亮輔（2年） | | 3 | [二] | 梶田京太（3年） | | 4 | [一] | 松井啓（3年） | | 5 | [右] | 池田樹哉（3年） | | 6 | [中] | 佐々木孝徳（2年） | | 7 | [遊] | 鈴木啓友（3年） | | 8 | [捕] | 長尾歓樹（3年） | | 9 | [投] | 齊賀洋平（2年） | | 投 | 江上達也（3年） | | 投 | 丸山貴史（3年） |
|
- 1回戦
- 第1号：井上結貴（日南学園）
- 第2号：鵜久森淳志（済美）
- 第3号：平田良介（大阪桐蔭）
- 第4号：飯田尚樹（佐賀商）
- 第5号：土谷尚鋭（東海大山形）
- 第6号：林勝人（東海大山形）
- 2回戦
- 第7号：佐々木孝徳（愛工大名電）
- 第8号：吉田良（秋田商）
- 第9号：佐藤雄大（拓大紅陵）
- 第10号：藤沢裕志（福岡工大城東）
- 第11号：中村桂司（大阪桐蔭）
- 第12号：中村桂司（大阪桐蔭）
- 第13号：横田崇幸（東北）
- 第14号：久保田健仁（明徳義塾）
- 準々決勝
- 第15号：梶田京太（愛工大名電）
- 第16号：鈴木啓友（愛工大名電）
- 第17号：山下佳志朗（福岡工大城東）
- 第18号：田口健人（福岡工大城東）
- 第19号：大沼尚平（東北）
- 第20号：鵜久森淳志（済美）
- 第21号：高橋勇丞（済美）
- 第22号：梅田大喜（明徳義塾）
- 第23号：野村太一（明徳義塾）
記録 いずれも今大会終了時点における記録
個人
| 記録 | 選手名 | 対戦校 | 補足 |
|---|
| ノーヒットノーラン | ダルビッシュ有（東北） | 1回戦・熊本工 | 大会史上12人目 |
| 1試合最多本塁打 | 2 | 中村桂司（大阪桐蔭） | 2回戦・東北 | 大会タイ記録（15人目） |
チーム
| 記録 | 校名 | 対戦校 | 補足 |
|---|
| 1試合最多犠打 | 10 | 愛工大名電 | 1回戦・立命館宇治 | 大会新記録 |
| 最優秀賞 | 八幡浜 |
| 優秀賞 | 一関一 |
| 常葉菊川 |
| 八幡商 |
| 大阪桐蔭 |
| 社 |
- ^ 【選抜高校野球】平成のセンバツで優勝回数の多い都道府県は? 決勝アラカルト産経新聞公式サイト
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