河川（二級水系の本流）
そのほかの河川
東日本
- 瀬戸川 (北海道) - 北海道久遠郡せたな町を流れる本流の河川。
- 大瀬戸川 - 山形県鶴岡市を流れる(五十川)水系の二級河川。
- 瀬戸川 (福島県) - 福島県本宮市を流れる阿武隈川水系の一級河川。
- 瀬戸川 (栃木県) - 栃木県鹿沼市を流れる利根川水系黒川支流の河川。
- 瀬戸川 (新潟県) - 新潟県糸魚川市を流れる早川水系(西尾野川)支流の二級河川。
- 瀬戸川 (山梨県) - 山梨県南巨摩郡南部町を流れる富士川水系(戸栗川)支流の一級河川。
- 瀬戸川 (王滝村) - 長野県木曽郡王滝村を流れる木曽川水系王滝川支流の河川。
- 瀬戸川 (小川村) - 長野県上水内郡小川村を流れる信濃川水系(土尻川)支流の一級河川。
西日本
- 瀬戸川用水 - 岐阜県飛騨市を流れる用水。
- 瀬戸川 (愛知県) - 愛知県瀬戸市を流れる庄内川水系矢田川支流の一級河川。
- 瀬戸川 (滋賀県) - 滋賀県高島市を流れる淀川（琵琶湖）水系の一級河川。
- 瀬戸川 (京都市) - 京都府京都市右京区を流れる淀川水系桂川支流の一級河川。
- 瀬戸川 (綾部市) - 京都府綾部市を流れる由良川水系の河川。
- (瀬戸川 (たつの市)) - 兵庫県たつの市を流れる揖保川水系(前川)分流の一級河川。
- 瀬戸川 (岩美町) - 鳥取県岩美郡岩美町を流れる蒲生川水系の二級河川。
- 瀬戸川 (琴浦町) - 鳥取県東伯郡琴浦町を流れる(八橋川)水系の二級河川。
- 瀬戸川 (岡山県) - 岡山県美作市を流れる吉井川水系吉野川支流の一級河川。
- 瀬戸川 (広島県) - 広島県福山市を流れる芦田川水系の一級河川。
- 瀬戸川 (愛媛県) - 愛媛県西予市を流れる肱川水系(岩瀬川)支流の一級河川。
- (瀬戸川 (土佐町)) - 高知県土佐郡土佐町を流れる吉野川水系の一級河川。
- 瀬戸川 (香南市) - 高知県香南市を流れる(香宗川)水系(烏川)支流の二級河川。