鞭毛菌門（Mastigomycota）は、かつて使用されていた菌類の分類群の名である。
かつて、卵菌類とサカゲカビ類が菌類に属すると考えられていた頃、これとツボカビ類をあわせて鞭毛菌門（あるいは真菌門鞭毛菌亜門 Mastigomycotina）と呼んでいた。
これら3者は、鞭毛を持つ遊走子を形成すること、栄養体が単細胞の単純なものから細胞外に仮根状菌糸を発達させるものを経て、多核体の菌糸体を発達させるものにまで至る、よく似たタイプの生物であり、菌類のもっとも原始的な一群と考えられていた。
他方、これらのうち、ツボカビ類と他の2者とでは系統を異にするのではないかとの説も、古くからあった。それは、鞭毛のタイプの違いや、細胞壁の成分でツボカビがキチン質であるのに対し、後の2者のそれはセルロースを含むなど、いくつかの重要な点で異なっていたからである。そのため、ツボカビ類は真の菌類の系統であり、他の2者は二毛菌類として植物の系統であるとの説も存在した。
現在では、広範囲の原生生物についてのより詳しい研究の結果、ツボカビ類はやはり菌類の系統であるとしてツボカビ門へ、サカゲカビ類と卵菌類は褐藻類などと系統をともにするストラメノパイルに属するものとしてそれぞれサカゲカビ門、卵菌門へと位置を変更されている。この2者は、五界説では原生生物界へ、(八界説)ではクロミスタ界に所属させる。