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生涯
亀山城城主の内藤如安や荒木村重に仕えたが、のちに明智光秀の家臣となり、亀山城の城代を任された。山崎の戦い後に豊臣秀吉に取り立てられ家臣となった。亀山城明け渡しの際の手際が良かったことを大政所に気に入られ、取り立てられたという説がある。
京都町奉行や太閤検地の奉行として功があり、また、武将としては小牧・長久手の戦いや小田原征伐に参陣、天正18年（1590年）の奥州仕置では名淵などの戦いで敵軍を撃破、大将首を取る武功も立てた。この戦功で知行5千石から旧大崎・葛西領（現在の宮城県北部と岩手県南部）12郡約30万石を与えられ、子の清久と共に蒲生氏郷の与力になった。
しかし、検地を実施して年貢を厳しく取り立てたことや旧大崎・葛西家臣の地侍などを家臣に採用せず刀狩を行ったこと、さらには家中の人手不足から大量登用した浪人や俄に侍に出世した足軽・中間などのこれら吉清の家臣が領民に乱暴狼藉を繰り返したことなどから、領内に一揆が起きた（葛西大崎一揆）。吉清は一揆勢によって居城の寺池城を追われ、佐沼城に立て籠もった。やがて領内の諸城も一揆勢によって落城し、吉清は子の清久とともに佐沼城へ閉じこめられる形となった。やがて蒲生氏郷と伊達政宗が援軍として駆けつけ一揆勢は退散。吉清父子はようやく窮地を脱したが、一揆発生の責任を問われて領地は没収された。
その後、吉清は氏郷の客将となり、文禄元年（1592年）に信夫郡（現在の福島市）5万石を与えられた。吉清は居城を大森城から杉目城へ遷し、杉目を「福島」と改称した。つまり今日の福島県の名付け親は吉清ということになる。慶長3年（1598年）に蒲生氏が宇都宮へ移封になると、吉清は蒲生氏を離れて新たに豊後国に1万5千石を与えられ、再び大名として取り立てられたが、その年に死去した。