分子力学モデリング用ソフトの比較

本項では主に分子力学法または分子動力学法の計算に用いられるプログラムの一覧を示す。

• GPU – GPUが利用可能
• I – インターフェースのみ
• Imp – 水の陰溶媒
• MC – モンテカルロ法
• MD – 分子動力学
• Min – 構造最適化
• QM – 量子力学的手法
• REM – レプリカ交換法

名称	3D表示	モデル構築	Min	MD	MC	REM	QM	Imp	GPU	ライセンス
(Abalone)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	I	Yes	Yes	プロプライエタリ 無償
Acellera Ltd ACEMD^[1]	No	No	Yes	Yes	No	Yes	No	No	Yes	プロプライエタリ 無償版と商用版がある
ADF	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	Yes	Yes	Yes	プロプライエタリ 無償試用版あり
ADUN^[2]	No	No	Yes	Yes	No	No	Yes	Yes	Yes	フリー GNU GPL
AMBER^[3]	No	Yes	Yes	Yes	No	Yes	I	Yes	Yes	プロプライエタリ
(Ascalaph Designer)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	I	Yes	Yes	GNU GPLと商用の混合ライセンス
ATB	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	No	No	プロプライエタリ 商用 教育研究用は無償
Avogadro	Yes	Yes	Yes	No	No	No	I	No	No	フリー GNU GPL
(BOSS)（英語版）	No	No	Yes	No	Yes	No	Yes	No	No	プロプライエタリ
CHARMM	No	Yes	Yes	Yes	Yes	I	I	Yes	Yes	プロプライエタリ, 商用
(CHEMKIN)（英語版）	No	No	No	No	No	No	No	No	No	プロプライエタリ
COSMOS	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	I	No	No	プロプライエタリ、商用 (GUIのない無償版あり)
CP2K	No	No	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	Yes	フリー (GNU GPLv2) or later
Culgi	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	I	No	No	プロプライエタリ
(Desmond)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	No	Yes	プロプライエタリ 無償版と商用版がある
(Discovery Studio)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	No	プロプライエタリ 試用版あり
ENCAD	No	No	No	Yes	No	No	No	No	No	フリー オープンソース
fold.it	I	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	I	No	No	プロプライエタリ 無償版と商用版がある
(FoldX)（英語版）	I	Yes	Yes	No	No	No	No	No	No	プロプライエタリ 無償版と商用版がある
GPIUTMD	I	I	Yes	Yes	No	I	No	No	Yes	プロプライエタリ
GROMACS	No	No	No	Yes	No	Yes	I	Yes^[4]	Yes	フリー GNU GPL
GROMOS	No	No	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	プロプライエタリ 商用
GULP	No	No	Yes	Yes	No	No	No	No	No	プロプライエタリ 教育研究用は無償
HOOMD-blue	No	No	Yes	Yes	Yes	No	No	No	Yes	フリー オープンソース
HyperChem	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	No	プロプライエタリ 商用　フル機能評価版あり
ICM	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	I	Yes	No	プロプライエタリ
LAMMPS	No	No	Yes	Yes	Yes	Yes	I	No	Yes	フリー (GNU GPLv2)
(MacroModel)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	I	Yes	No	プロプライエタリ
MAPS	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	プロプライエタリ 試用版あり
(Materials Studio)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	Yes	プロプライエタリ 試用版あり
MedeA	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	No	プロプライエタリ 試用版あり
MCCCS Towhee	No	No	No	No	Yes	No	No	No	No	フリー GNU GPL
(MDynaMix)（英語版）	No	No	No	Yes	No	No	No	No	No	フリー GNU GPL
(MOE)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	I	Yes	No	プロプライエタリ
MOIL	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	No	フリー オープンソース
(Orac)（英語版）	No	No	Yes	Yes	No	Yes	No	Yes	No	フリー オープンソース
NAB^[5]	No	Yes	No	No	No	No	No	No	No	フリー オープンソース
NAMD + VMD	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	Yes	Yes	プロプライエタリ 教育研究用は無償
(NWChem)（英語版）	No	No	Yes	Yes	No	No	Yes	No	No	フリー EDL v2.0
Packmol	No	Yes	No	No	No	No	No	No	No	フリー GNU GPL
Prime	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	I	Yes	No	プロプライエタリ
(Protein Local Optimization Program)（英語版）	No	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	プロプライエタリ
(Q)（英語版）	No	No	No	Yes	No	No	No	No	No	不明
RedMD^[6]	I	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	フリー GNU GPL
(SAMSON)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	Yes	No	No	プロプライエタリ 無償
StruMM3D (STR3DI32)	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	No	プロプライエタリ 無償版あり(200原子まで)
Scigress	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	Yes	Yes	No	プロプライエタリ
(Spartan)（英語版）	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	Yes	Yes	No	プロプライエタリ 無償試用版あり
(TeraChem)（英語版）	No	No	Yes	Yes	No	No	Yes	No	Yes	プロプライエタリ 試用版あり
(TINKER)（英語版）	I	Yes	Yes	Yes	Yes	No	I	Yes	No	プロプライエタリ 無償
(Tremolo-X)（英語版）	I	No	Yes	Yes	No	No	No	No	No	プロプライエタリ
(UCSF Chimera)（英語版）	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	No	No	プロプライエタリ 教育研究用は無償
VEGA ZZ	Yes	Yes	Yes	I	Yes	No	No	Yes	Yes	プロプライエタリ 教育研究用は無償
VLifeMDS	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	I	No	Yes	プロプライエタリ
WHAT IF	Yes	Yes	I	I	I	No	No	No	No	プロプライエタリ
(YASARA)（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	Yes	No	Yes	プロプライエタリ

出典

1. ^ M. J. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis (2009). “ACEMD: Accelerating Biomolecular Dynamics in the Microsecond Time Scale”. Journal of Chemical Theory and Computation 5 (6): 1632–1639. doi:10.1021/ct9000685. 
2. ^ Johnston, MA, Fernández-Galván, I, Villà-Freixa, J (2005). “Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: the Adun simulator”. J. Comp. Chem. 26 (15): 1647–1659. doi:10.1002/jcc.20312. PMID (16175583). 
3. ^ “A second generation force field for the simulation of proteins, nucleic acids, and organic molecules”. J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. (1995). doi:10.1021/ja00124a002. 
4. ^ Implicit Solvent - Gromacs July 29, 2014, at the Wayback Machine.
5. ^ “Modeling unusual nucleic acid structures”. Molecular Modeling of Nucleic Acids: 379–393. (1998). 
6. ^ A. Górecki; M. Szypowski; M. Długosz; J. Trylska (2009). “RedMD - Reduced molecular dynamics package”. J. Comp. Chem. 30 (14): 2364–2373. doi:10.1002/jcc.21223. PMID (19247989). 

関連項目

• (力場の比較)（英語版）
• (核酸シミュレーションソフトの比較)（英語版）
• (分子可視化ソフトの一覧)（英語版）
• (タンパク質の構造予測ソフトの一覧)（英語版）
• 量子化学および固体物理計算ソフトの一覧
• (モンテカルロ法による分子モデリング用ソフトの一覧)（英語版）
• (ナノ構造モデリング用ソフトの一覧)（英語版）
• (分子設計ソフト)（英語版）
• 分子力学
• 分子動力学
• GPUを用いた分子モデリング
• 構造式エディタ

外部リンク

• MateriApps 物質科学シミュレーションのポータルサイト
• The OpenScience Project