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KEGG

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes:日本語では「京都遺伝子ゲノム百科事典」の意味)は、遺伝子やタンパク質代謝シグナル伝達などの分子間ネットワークに関する情報を統合したデータベースであり、バイオインフォマティクス研究に利用される。このデータベースは、細胞レベルでの生命システムの機能に関する知識を、分子間相互作用ネットワーク(代謝、シグナル伝達、遺伝情報等)の二項関係に基づいた情報としてデータベース化し (PATHWAY)、これを中心に据えているのが特徴である。さらに遺伝子カタログ情報 (GENES)、既知のタンパク質間の配列相同性情報 (SSDB)、機能的類似性情報 (KO)、生体関連化学物質に関する情報 (LIGAND) などに関する各データベースを統合し、単なるカタログ的データベースではなく、生命の設計図を構築するための知識ベースを目指している。

KEGG
内容
生物 全て
コンタクト
研究拠点 京都大学
研究所 京都大学化学研究所
Kanehisa Laboratories
作者 金久實
主要引用 PMID 10592173
公開日 1995年
アクセス
ウェブサイト www.kegg.jp
WebサービスURL RESTはKEGG APIを参照
ツール
ウェブ KEGG Mapper
その他
テンプレートを表示

生物種としては、ヒトのほか動物微生物を中心とした各種モデル生物が対象とされており、種による異同を調べたり、ネットワークの2要素の間で可能な経路を計算するなどが可能となっている。

1995年京都大学化学研究所金久實らによるプロジェクトとして発足し、整備が続けられ、ウェブ上で公開されている。

KEGG PATHWAY

KEGG PATHWAYデータベースは、KEGGのコアとなる分子間相互作用ネットワークの配線図(パスウェイマップ)に関するデータベースである。パスウェイマップには遺伝子、化合物、化学反応、疾患情報など KEGG の他のデータベース内の個々のエントリが関連付けられている。パスウェイマップは、下記に分類される[1]

  • 代謝
  • 遺伝情報処理
  • 環境情報処理
  • 細胞プロセス
  • 生体システム
  • ヒト疾患
  • 医薬品開発

購読モデル

2011年7月、KEGG はFTPアクセスによるフラットファイルのダウンロードに対して購読モデルを導入した[2][3]

脚注

[脚注の使い方]
  1. ^ パスウェイ一覧
  2. ^ Plea from KEGG
  3. ^ KEGG FTP subscription

関連項目

外部リンク

  • KEGG サイト
  • ミラーサイト
    • Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(英語)
    • KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(日本語)
    • PATHWAY(英語)
    • KEGG API(英語) - REST形式のWebインタフェース

KEGG
kegg, kyoto, encyclopedia, genes, genomes, 日本語では, 京都遺伝子ゲノム百科事典, の意味, 遺伝子やタンパク質, 代謝, シグナル伝達などの分子間ネットワークに関する情報を統合したデータベースであり, バイオインフォマティクス研究に利用される, このデータベースは, 細胞レベルでの生命システムの機能に関する知識を, 分子間相互作用ネットワーク, 代謝, シグナル伝達, 遺伝情報等, の二項関係に基づいた情報としてデータベース化し, pathway, これを中心に据えてい. KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 日本語では 京都遺伝子ゲノム百科事典 の意味 は 遺伝子やタンパク質 代謝 シグナル伝達などの分子間ネットワークに関する情報を統合したデータベースであり バイオインフォマティクス研究に利用される このデータベースは 細胞レベルでの生命システムの機能に関する知識を 分子間相互作用ネットワーク 代謝 シグナル伝達 遺伝情報等 の二項関係に基づいた情報としてデータベース化し PATHWAY これを中心に据えているのが特徴である さらに遺伝子カタログ情報 GENES 既知のタンパク質間の配列相同性情報 SSDB 機能的類似性情報 KO 生体関連化学物質に関する情報 LIGAND などに関する各データベースを統合し 単なるカタログ的データベースではなく 生命の設計図を構築するための知識ベースを目指している KEGG内容生物全てコンタクト研究拠点京都大学研究所京都大学化学研究所Kanehisa Laboratories作者金久實主要引用PMID 10592173公開日1995年アクセスウェブサイトwww wbr kegg wbr jpWebサービスURLRESTはKEGG APIを参照ツールウェブKEGG Mapperその他テンプレートを表示生物種としては ヒトのほか動物 微生物を中心とした各種モデル生物が対象とされており 種による異同を調べたり ネットワークの2要素の間で可能な経路を計算するなどが可能となっている 1995年に京都大学化学研究所の金久實らによるプロジェクトとして発足し 整備が続けられ ウェブ上で公開されている 目次 1 KEGG PATHWAY 2 購読モデル 3 脚注 4 関連項目 5 外部リンクKEGG PATHWAY 編集KEGG PATHWAYデータベースは KEGGのコアとなる分子間相互作用ネットワークの配線図 パスウェイマップ に関するデータベースである パスウェイマップには遺伝子 化合物 化学反応 疾患情報など KEGG の他のデータベース内の個々のエントリが関連付けられている パスウェイマップは 下記に分類される 1 代謝 遺伝情報処理 環境情報処理 細胞プロセス 生体システム ヒト疾患 医薬品開発購読モデル 編集2011年7月 KEGG はFTPアクセスによるフラットファイルのダウンロードに対して購読モデルを導入した 2 3 脚注 編集 脚注の使い方 パスウェイ一覧 Plea from KEGG KEGG FTP subscription関連項目 編集バイオインフォマティクス システム生物学 代謝マップ オントロジー 遺伝子オントロジー外部リンク 編集KEGG サイト ミラーサイト Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 英語 KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 日本語 PATHWAY 英語 KEGG API 英語 REST形式のWebインタフェース https ja wikipedia org w index php title KEGG amp oldid 89661542 から取得, ウィキペディア、ウィキ、本、library、

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